Le GECEM travaille en collaboration avec des organismes de recherches comme notamment le Groupement d’Intérêt Scientifique pour les Mammifères Marins de Méditerranée (GIS3M), créé en 2007. Le GIS3M est un regroupement d'acteurs (EcoOcean Institut, BREACH, Souffleurs d'Ecume, WWF-France, etc.) permettant de faciliter les partenariats. Le GECEM travaille en collaboration avec le Sanctuaire Pelagos dont la partie française est animée par le Parc-National de Port -Cros. Cet espace maritime de 87 500 km² fait l’objet d’un accord tripartite (Italie – Monaco - France) et a pour objectif de développer la recherche sur les mammifères marins afin d’améliorer leur suivi et de limiter les impacts négatifs des activités humaines sur les populations en Méditerranée nord-occidentale.